6 - تولى مشيخة التصوف بتربة برقوق نائب أهل الشام . 7 - انتقل إلى مشيخة الخانقاه البيبرسية سنة 1486 م وانقطع بذلك عن التدريس والإفتاء والإملاء . 8 - ثار ضده الصوفية عندما قطع عنهم جعيلتهم وحوكم ، ولذلك عزل ، فاعتكف في منزله . وفاته : كانت وفاته ، رحمه اللّه ، في سحر ليلة الجمعة 19 من جمادى الأولى سنة 911 ه في منزله بروضة المقياس ، إثر مرض لم يطل به ، فأصيب بورم شديد في ذراعه الأيسر ، ودفن في حوش قوصون خارج باب القرافة . وقد اهتمت والدته بقبره ، فأقامت عليه بناء يحوطه ويصونه ، وأصبح ضريحه بعد ذلك مقصودا بالزيارة والتبرك . وقد حقق تيمور باشا قبره فقال : « لقد بحثت عن المقبرة التي دفن فيها السيوطي ، حتى اهتديت إليها ، فإذا بها قبة ضخمة ، أرضها تعلو عن الأرض يصعد إليها بدرج ، وقد درست القبور بها ما عدا قبر السيوطي ، وهو في زاوية منها » .